Desktop Tower Defense wordt gespeeld op een kaart die lijkt op een kantoordesktop. De speler moet voorkomen dat een bepaald aantal vijanden, in het genre bekend als "creeps", een bepaald punt op het speelveld bereiken. Dit wordt bereikt door torens te bouwen en te upgraden die op de vijandelijke creeps schieten, ze beschadigen en doden voordat ze hun doel kunnen bereiken. In tegenstelling tot veel andere tower defense-spellen, ligt het pad van de creeps zelf niet vast; in plaats daarvan bepalen de gebouwde torens het pad van de creeps, die de kortste weg naar de uitgang nemen die ze kunnen vinden. Het spel staat de speler niet toe een uitgang volledig ontoegankelijk te maken, maar belangrijke strategieën draaien om het leiden van creeps in lange, kronkelende gangen.