Shadow of the Ninja speelt zich af in het oude Japan en is een side-scrolling puzzelplatformgame met prachtige graphics en animatie. Spelers kruipen in de huid van Akane, een leerling-ninja, terwijl ze niet-dodelijke sluipkrachten zoals verhulling en teleporteren gebruikt om haar vredige dorp terug te winnen van een kwaadaardige samoerai-clan.