Portal Box is een 3D-puzzelplatformgame waarin de speler een groene doos in het spel bestuurt met de pijltjestoetsen van het toetsenbord. Nadat de groene doos is begonnen te bewegen, stopt deze pas als hij het einde van het platform of een blok bereikt. Het hoofddoel van de groene doos is het groene vakje op het platform te bereiken. Met behulp van bepaalde mechanismen op het platform moet de speler de groene doos op het groene vakje plaatsen. Alle levels in het spel hebben unieke toegangscodes die je later kunt gebruiken om direct naar het level te gaan.