Gewapend met niets dan een boog en enkele pijlen, is Bowja de Ninja op een geheime missie naar Factory Island om de bedreiging voor de mensheid, de Gi8000 (ook bekend als Randy de Robot), uit te schakelen. Help Bowja de fabriekswerkers te verslaan en de mensheid voor eens en altijd te redden, voordat het te laat is.
Bowja de Ninja op Factory Island is een charmant point-and-click avontuur waarin je de juiste plekken moet vinden om te klikken om de kleine Bowja te laten vorderen, terwijl je onderweg puzzels oplost en vijanden verslaat. De animaties, kleine stemmen en het decor maken dit spel een plezier om te spelen.